"Geoquímica y contaminación de cuerpos acuáticos" dentro de la cual se aplican y desarrollan métodos de campo y laboratorio, análisis de datos que incluyen métodos estadísticos avanzados y modelación matemática.

"Desarrollo de aplicaciones de métodos analíticos modernos en ambientes costeros", con las que se aborda el estudio de origen y transporte de la materia orgánica, las fuentes y transporte de contaminantes persistentes y emergentes y la especiación de nutrientes en la producción acuícola

“Obtención de productos naturales  marinos bioactivos”, en el cual se aislan  moléculas de organismos marinos que presenten actividad antiparasitaria y antitumoral, mediante separación biodirigida y determinando su estructura por métodos espectroscópicos y espectrofotométricos .  

"Biotecnología de microorganismos costeros", donde se estudia la filogenia de microorganismos de sedimentos marinos y su potencial para la producción de metabolitos secundarios con actividad biológica, estableciendo la genética evolutiva de las rutas metabólicas. Se estudia también la ecología de los microorganismos costeros y marinos utilizando herramientas metagenómicas

"Ecotoxicología", en la que se estudia el efecto de los contaminantes emergentes en los organismos acuáticos, su metabolismo y toxicidad, usando biomarcadores de exposición y efecto y determinando su biodisponibilidad